Berdasarkan Peraturan Walikota Pekalongan Nomor 20 Tahun 2011 tentang Tugas dan Fungsi Lembaga Teknis Daerah Kota Pekalongan, RSUD Bendan Kota Pekalongan mempunyai tugas menyelenggarakan pelayanan kesehatan dengan upaya penyembuhan, pemulihan, peningkatan, pencegahan, pelayanan rujukan, dan menyelenggarakan pendidikan dan pelatihan, penelitian dan pengembangan serta pengabdian masyarakat.

Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 179 ayat (2), Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) menyelenggarakan fungsi :

1. perumusan kebijakan teknis di bidang pelayanan kesehatan rumah sakit.
2. penyelenggaraan pelayanan penunjang dalam penyelenggaraan pemerintah daerah.
3. pengendalian manajemen rumah sakit.
4. perumusan rencana dan program, monitoring, evaluasi dan pelaporan di bidang upaya kesehatan Perorangan.
5. penyelenggaraan pelayanan dan rekam medis.
6. penyelenggaraan pelayanan keperawatan.
7. penyelenggaraan pengembangan dan penunjang pelayanan medis dan non medis.
8. penyelenggaraan pelayanan rujukan.
9. penyelenggaraan pelaksanaan pendidikan dan pelatihan.
10. ppenyelenggaraan pelaksanaan penelitian dan pengembangan serta pengabdian masyarakat.
11. penyelenggaraan pengelolaan keuangan dan akuntansi.
12. penyelenggaraan pengelolaan urusan kepegawaian, hukum, hubungan masyarakat organisasi dan tatalaksana, serta rumah tangga, perlengkapan dan umum.
13. pengkoordinasian, pengendalian, pengevaluasian dan pelaporan pelaksanaan kegiatan.
14. pelaksanaan tugas-tugas lain yang diberikan Walikota sesuai dengan tugas dan fungsinya.