RSUD Bendan Kota Pekalongan merupakan lembaga teknis daerah yang didirikan berdasarkan Peraturan Daerah Kota Pekalongan Nomor 5 Tahun 2008 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Bendan Kota Pekalongan. Rumah sakit ini berdiri pada tahun 2009 dan berstatus sebagai rumah sakit tipe C sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 534/MENKES/SK/2010.
Dalam upaya meningkatkan pelayanan kepada masyarakat, sejak tahun 2009 RSUD Bendan menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD), yang memberikan fleksibilitas dalam pengelolaan keuangan untuk menerapkan praktik bisnis yang sehat, sebagaimana ditetapkan melalui Keputusan Wali Kota Pekalongan Nomor 445/071 Tahun 2009 tentang Penetapan RSUD Bendan Kota Pekalongan sebagai Badan Layanan Umum (BLU).
Pada tahun 2021, RSUD Bendan memperoleh akreditasi Paripurna dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS), dan pada tahun 2022 kembali meraih akreditasi Paripurna dari Lembaga Akreditasi Rumah Sakit Damar Husada Paripurna (LARS DHP).
RSUD Bendan merupakan unit organisasi yang bersifat khusus dalam penyelenggaraan layanan kesehatan secara profesional serta memiliki otonomi dalam pengelolaan keuangan, pengelolaan barang milik daerah, dan pengelolaan kepegawaian, sesuai dengan Peraturan Wali Kota Pekalongan Nomor 83 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja RSUD Bendan Kelas C.
RSUD Bendan saat ini menempati area seluas kurang lebih 3 hektar, yang terdiri atas beberapa gedung dan fasilitas penunjang sebagai berikut: